气道炎症性过敏性疾病：主要包括过敏性及非过敏性支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、变应性支气管肺曲菌病（ABPA）、变应性嗜酸粒细胞性肉芽肿性血管炎（EGPA）、各种嗜酸粒细胞增多性疾病。该亚专业由刘春涛教授担纲，拟组建精准检测和治疗平台。
复杂性感染性疾病：侧重于耐药性细菌感染和耐药性结核病，由申永春副教授和黄维维主治医师负责，范红教授担任学术指导。
多系统疾病肺部病变：侧重于免疫学和非免疫学全身疾病造成的肺部损害，特别是间质性肺疾病，由谢敏教授、金洪教授负责。
